Les résistances se faufilent à travers les stations d'épuration
Les bactéries résistantes aux antibiotiques ne sont pas totalement éliminées dans le traitement des eaux usées. Seule une partie des résistances provient des eaux entrantes, beaucoup d'autres se trouvent dans les bactéries des boues activées. Comme le montre une nouvelle étude de l'Institut de recherche sur l'eau Eawag, les stations d'épuration des eaux usées sont plus qu'un simple lieu de passage - les résistances y sont actives et évoluent.
Plus de 95% de tous les BactériesLes bactéries qui se retrouvent dans les eaux usées à partir des matières fécales humaines sont éliminées dans les stations d'épuration des eaux usées. Pourtant, on trouve encore beaucoup de bactéries résistantes aux antibiotiques dans les effluents. Comment cela s'explique-t-il ? Le microbiologiste Helmut Bürgmann et son groupe ont voulu le savoir et ont étudié dans douze stations d'épuration des eaux usées (STEP) ce qui se passe avec les bactéries résistantes au cours du processus d'épuration. Les chercheurs se sont également intéressés à savoir si les facteurs de stress présents dans les eaux usées - par exemple les antibiotiques, les biocides ou les métaux lourds - influençaient l'apparition de gènes de résistance.
Un "noyau dur" de résistances persistantes
Dans les douze STEP, les chercheurs ont prélevé des échantillons de biomasse dans l'affluent, les étapes de nettoyage biologique ainsi que dans l'effluent. Ils en ont extrait de l'ADN, l'ont séquencé et ont identifié les segments de gènes qui codent pour les résistances aux antibiotiques. De manière générale, les chercheurs ont certes détecté nettement moins de bactéries résistantes dans les eaux usées épurées que dans les eaux entrantes. Mais "la part relative des microorganismes résistants augmente dans la STEP", explique Bürgmann.
Les chercheurs ont trouvé de nombreux gènes de résistance différents, dont la composition variait fortement au sein de la STEP. Un petit groupe de gènes de résistance était présent à toutes les étapes de l'épuration. Ce "noyau dur" se faufile à travers la STEP et est comparativement fréquent. Mais environ 70% des différents gènes de résistance qui arrivent dans la STEP avec les eaux usées sont éliminés au cours du processus d'épuration. En revanche, de nouvelles résistances apparaissent : "Environ 40 pour cent des résistances présentes à la sortie de la STEP ont probablement leur origine dans les boues activées", explique Bürgmann.
Survivre grâce à la résistance
Les chercheurs supposent que les conditions dans les STEP offrent un avantage de survie aux micro-organismes résistants. Un indice en serait qu'il existe une différence entre la fréquence des résistances et la présence de certains Antibiotiques bien qu'ils ne soient présents qu'en très faibles concentrations dans la STEP. De plus, les gènes de résistance étaient effectivement actifs dans toute la STEP jusqu'à la sortie. Bürgmann attribue également le fait que les bactéries des boues activées portent souvent des résistances à l'étroite cohabitation des microorganismes dans la STEP : "Les bactéries dans les étapes d'épuration biologique contiennent en partie des gènes de résistance qui sont à 100 pour cent identiques à ceux des agents pathogènes. Elles les ont probablement acquis par échange de gènes".
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